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Grado en Bioinformática : Trabajo de Fin de Grado

Trabajo de Fin de Grado

El Grado en Bioinformática incluye como asignatura obligatoria el Trabajo de Fin de Grado (TFG), de carácter científico-profesional, que debe realizarse durante los dos últimos trimestres del último curso.

El TFG puede ser tanto un proyecto amplio en el campo de las tecnologías específicas de la bioinformática, que refleje las competencias adquiridas asociadas a la titulación, como un proyecto que explore una idea innovadora (por ejemplo, un programa informático o bien un modelo científico para dar respuesta a un problema biomédico o a un fenómeno biológico).

Los estudiantes contarán con supervisión a lo largo de todo el proceso de preparación del TFG, que deberán presentar al final del año académico ante un tribunal examinador integrado por profesores del grado.

Ganadores del TFG

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Bioinformática

Guillem Hernández Gu ...

Emotional analysis prediction using qualitatively representations of multip ...

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Bioinformática

Autor/a: Guillem Hernández Guillamet

Emotional analysis prediction using qualitatively representations of multiple psycho-physiological time-series signals

Director/a del trabajo: Mireia Olivella i Beatriz Lòpez

Descripción

Predicción de emociones usando señales fisiológicas. Metodología que busca transformar las secuencias temporales a representaciones cualitativas, reduciendo la complejidad, para minar desde un punto de vista estructural y de características, las señales; usando técnicas adoptadas de la microinformática y la minería de texto. La metodología reúne múltiples señales simultáneamente y realiza diversos procedimientos de clasificación para un análisis de consenso posterior, aspirando a la mejor predicción.

Institutción: Control Engineering and Intelligent Systems (eXit) - Universitat de Girona (udG)

Bioinformática

Ignasi Andreu Godall

Integer Linear Programming Models for Multiple Sequence Alignment

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Bioinformática

Autor/a: Ignasi Andreu Godall

Integer Linear Programming Models for Multiple Sequence Alignment

Director/a del trabajo: Gabriel Valiente

Descripción

Encontrar una solución óptima para una instancia de problema de alineación de secuencias múltiples para más de dos secuencias es un problema de optimización difícil que es prohibitivamente costoso desde el punto de vista computacional, incluso para algunas secuencias de longitud moderada. En consecuencia, la investigación sobre la alineación de secuencias múltiples se ha centrado principalmente en los métodos heurísticos. Sin embargo, los avances recientes en solucionadores para la programación lineal de enteros han hecho posible encontrar soluciones exactas y óptimas para los casos de problemas de alineación de secuencias múltiples para varias secuencias de longitud moderada.

Institución: Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)

Bioinformática

Laura Aviñó Esteban

Imputing eQTL from tissue specific and across tissues data

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Bioinformática

Autor/a: Laura Aviñó Esteban

Imputing eQTL from tissue specific and across tissues data

Director/a del trabajo: Daniel Zerbino

Descripción

A pesar de tener conocimiento de dónde se encuentran los genes y las regiones del genoma que los regulan, llamadas enhancers; todavía no sabemos qué region interactúa con qué gen. En este trabajo he generado modelos basados en aprendizaje automático utilizando diferentes subconjuntos datos, incluyendo Hi-C, epigenómica y eQTLs para predecir estas conexiones. También he creado un método para imputar las interacciones utilizando técnicas de reducción de dimensionalidad en la expresión de RNA. En conjunto, he demostrado que integrando diferentes fuentes de datos en el mismo método aumenta el rendimiento del mismo.

Institución: European Molecular Biology Laboratory - European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)

Bioinformática

Rubén Molina Fernand ...

Structural Modeling of the effect of AB-Amyloid on the Insulin Receptor

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Bioinformática

Autor/a: Rubén Molina Fernandez

Structural Modeling of the effect of AB-Amyloid on the Insulin Receptor

Director/a del trabajo: Baldomero Oliva

Descripción

Hemos modelado la posible interacción entre el AB-Amyloide y el receptor de Insulina, bajo la hipótesis de que se puede estar dando un feedback que derive en Alzheimer, cuando la dimerización del receptor de Insulina no ocurre bien, como por ejemplo en la enfermedad de Diabetes.

Institución: Unitat de Recerca en Informàtica Biomèdica (GRIB) Universitat Pompeu Fabra (UPF)

Bioinformática

Jordi Busoms

A method to identify common features among similar protein binding sites

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Bioinformática

Autor/a: Jordi Busoms

A method to identify common features among similar protein binding sites

Director/a del trabajo: Xavier Jalencas i Jordi Mestres

Descripción

Una de las principales causas de las reacciones adversas provocadas por fármacos son las interacciones inesperadas de estos con proteínas más allá de su objetivo. Los métodos computacionales para predecir estas reacciones por miles de proteínas se basan principalmente en el ligando. Los métodos basados en la estructura siguen siendo computacionalmente costosos. El objetivo de este proyecto es investigar métodos basados en la estructura más eficientes para poder anticipar la probabilidad de unión entre cada pequeña molécula y miles de proteínas. Hemos obtenido un algoritmo funcional capaz de conseguir grupos de lugares de unión similares desde estructuras de proteínas en tres dimensiones y de generar entidades representativas del grupo entero.

Institución: Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques (IMIM)

Bioinformática

José Miguel Ramírez ...

Best Practices for the Analysis of Oxford Nanopore Direct RNA Sequencing Da ...

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Bioinformática

Autor/a: José Miguel Ramírez Cardeñosa

Best Practices for the Analysis of Oxford Nanopore Direct RNA Sequencing Data

Director/a del trabajo: Eva Novoa

Descripción

RNA modifications have recently emerged as key regulators in many biological processes. However, current methods to genome-wide map RNA modifications using next-generation sequencing (NGS) are only available for 5 % of the known modifications, among other drawbacks. A new method is the direct RNA sequencing platform developed by Oxford Nanopore Technologies, which is able to sequence native RNA molecules. Here, we systematically compare state-of-the-art base-calling and mapping algorithms, as well as their ability to detect and distinguish RNA modifications using systematic base-calling ‘errors’. We find that Guppy 3.0.3 produces the highest accuracy and qualities, being also able to detect RNA modifications with the highest accuracy, and that GraphMap performs better than minimap2. However, distinguishing between different types of RNA modifications that modify the same ribonucleotide, such as 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine, still remains a challenge.

Institution: Centre de Regulació Genòmica (CRG)

Bioinformática

Ferriol Calvet Riera

Upstream open-reading frames identification and classification in the human ...

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Bioinformática

Autor/a: Ferriol Calvet Riera

Upstream open-reading frames identification and classification in the human genome

Director/a del trabajo: Dr. Jonathan M. Mudge, Dr. Adam Frankish

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En las regiones no traducidas de los genes que codifican para proteinas, encontramos marcos abiertos de lectura (uORFs, de las siglas en inglés) que pueden ser elementos reguladores importantes del proceso de traducción.
Hemos generado un conjunto de 104497 posibles uORFs, que contiene informaciñon adicional sobre cada uno de ellos y también una puntuación individual indicando cómo de probable es que sea funcional. A parte de esto, tambien damos las herramientas necesarias para poder actualizar los resultados a nuevas versiones de la anotación y para poder visualizar los uORFs en UCSC genome browser.

Institución: EMBL-EBI - European Bioinformatics Institute

Bioinformática

Paula Balcells Falgu ...

Quantitative metrics from 2D contours for bioimage analysis

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Bioinformática

Autor/a: Paula Balcells Falgueras

Quantitative metrics from 2D contours for bioimage analysis

Director/a del trabajo: Virginie Uhlmann, Dra. Mireia Olivella

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La caracterización cuantitativa de los objetos en bioimágenes puede proporcionar información útil para comprender los fenómenos biológicos. En este proyecto, hemos desarrollado un paquete en Python para cuantificar, comparar y explorar la morfología de los objetos 2D en bioimágenes a partir de sus contornos. A partir de modelos de curvas spline paramétricas, las métricas cuantitatives han sido obtenidas analíticamente e implementades algorítmicamente. Para mostrar el uso de los métodos desarrollados en el análisis de bioimágenes, hemos realizado dos experimentos usando conjuntos de imágenes de microscopía.

Institución: EMBL-EBI - European Bioinformatics Institute

Bioinformática

Andrea Nieto-Aliseda ...

Non-coding determinants of B-ALL: discovering new therapeutic targets and b ...

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Bioinformática

Autor/a: Andrea Nieto-Aliseda Sutton

Non-coding determinants of B-ALL: discovering new therapeutic targets and biomarkers

Director/a del trabajo: Biola M. Javierre, Dra. Mireia Olivella

Descripción

El objetivo de este proyecto es aumentar la comprensión de la oncogénesis de la leucemia linfoblástica aguda de células B, identificando genes desregulados mediante el estudio de mutaciones epigenéticas observadas en sus elementos reguladores, particularmente potenciadores de largo alcance que pueden identificarse con el estudio 3D del genoma.

Institución: IJC - Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras

Bioinformática

Alexis Molina Martín ...

A novel computational workflow for elucidating key physico-chemical interac ...

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Bioinformática

Autor/a: Alexis Molina Martínez Delos Reyes

A novel computational workflow for elucidating key physico-chemical interactions involved in thermal resistance

Director/a del trabajo: Victor Guallar

Descripción

La termoestabilidad es un concepto importante en la industria biotecnológica ya que juega un papel clave en los procesos enzimáticos y en la mejora de la producción. En este estudio proponemos una serie de análisis para el estudio de la termoestabilidad y de la identificación de regiones mutable en enzimas de fentús de simulaciones moleculares y de redes de interacción de residuos. Tomando como pilar central la hipótesis que sostiene a la flexibilidad como un agente relellevant a la estabilidad térmica de las proteínas, los análisis desarrollados han podido elucidar regiones claves de mutabilidad validadas en dos estudios retrospectivos.

Institución: BSC - Barcelona Supercomputing Center

Bioinformática

Irene Acero Pousa

Mapping the structural connectivity fingerprints of corticostriatal circuit ...

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Bioinformática

Autor/a: Irene Acero Pousa

Mapping the structural connectivity fingerprints of corticostriatal circuits in Huntington’s Disease.

Director/a del trabajo: Estela Càmara

Descripción

La enfermedad de Huntington es una enfermedad genética y neurodegenerativa causada por una mutación en el gen HTT, e provoca una mezcla de síntomas motores, cognitivos y psiquiátricos. No obstante, existe un alto grado de heterogeneidad en el orígen y evolución de cada síntoma. Los tres circuitos corticoestriatales principales (motor, cognitivo y motivacional) están afectados por la neurodegeneración, la cual podría ser una fuente de las diferencias interindividuales entre los pacientes. El objetivo de este estudio es caracterizar la conectividad estructural de los tres circuitos principales con el fin de delinear patrones de neurodegeneración específicos que podrían ser la base de diferentes perfiles sintomáticos.

Institución: IDIBELL - Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge

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