Escribe y encuentra lo que buscas:

Grau en Bioinformàtica : Treball de Fi de Grau

Treball de Fi de Grau

El Grau en Bioinformàtica inclou com a assignatura obligatòria el Treball de Fi de Grau (TFG), de caràcter científic-professional, que s’ha de fer durant els dos últims trimestres del darrer curs.

El TFG tant pot ser un projecte ampli en el camp de les tecnologies específiques de la bioinformàtica, que reflecteixi les competències adquirides associades a la titulació, com un projecte d’exploració d’una idea innovadora (per exemple, un programa informàtic o bé un model científic per donar resposta a un problema biomèdic o a un fenomen biològic).

Els estudiants comptaran amb supervisió al llarg de tot el procés de preparació del TFG, que hauran de presentar al final de l’any acadèmic davant d’un tribunal examinador integrat per professors del grau.

Guanyadors del TFG

Filtrar resultats

Bioinformàtica

Guillem Hernández Gu ...

Emotional analysis prediction using qualitatively representations of multip ...

Més info

Bioinformàtica

Autor/a: Guillem Hernández Guillamet

Emotional analysis prediction using qualitatively representations of multiple psycho-physiological time-series signals

Director/a del treball: Mireia Olivella i Beatriz Lòpez

Descripción

Predicció d’emocions fent servir senyals fisiològiques. Metodologia que busca transformar les seqüències temporals a representacions qualitatives, reduint la complexitat, per minar des d’un punt de vista estructural i de característiques les senyals; fent servir tècniques adoptades de la bioinformàtica i la mineria de text. La metodologia reuneix múltiples senyals simultàniament i realitza diversos procediments de classificació per a un anàlisis de consens posterior, buscant la millor predicció.

Institució: Control Engineering and Intelligent Systems (eXit) - Universitat de Girona (udG)

Bioinformàtica

Ignasi Andreu Godall

Integer Linear Programming Models for Multiple Sequence Alignment

Més info

Bioinformàtica

Autor/a: Ignasi Andreu Godall

Integer Linear Programming Models for Multiple Sequence Alignment

Director/a del treball: Gabriel Valiente

Descripción

Trobar una solució òptima per a una instància de problema d’alineació de seqüències múltiples per a més de dues seqüències és un problema d’optimització dur que és computacionalment car, fins i tot per a algunes seqüències de longitud moderada. En conseqüència, la investigació sobre l'alineació de seqüències múltiples s'ha centrat principalment en mètodes heurístics. No obstant això, els avenços recents en solucionadors de programació lineal enters han permès trobar solucions exactes i òptimes a instàncies de problemes d'alineació de seqüències múltiples per a diverses seqüències de longitud moderada.

Institució: https://www.linkedin.com/in/ignasi-andreu-godall-09a363139/

Bioinformàtica

Laura Aviñó Esteban

Imputing eQTL from tissue specific and across tissues data

Més info

Bioinformàtica

Autor/a: Laura Aviñó Esteban

Imputing eQTL from tissue specific and across tissues data

Director/a del treball: Daniel Zerbino

Descripción

Tot i tenir coneixement d'on es troben els gens i les regions del genoma que els regulen, anomenades enhancers; encara no sabem quines interactua amb quin gen. En aquest treball he generat models basats en aprenentatge automàtic utilitzant diferents subconjunts dades, incloent-hi Hi-C, epigenòmica i eQTLs, per predir aquestes coneccions. També he creat un mètode per imputar les interaccions utilitzant tècniques de reducció de dimensionalitat en l'expressió de RNA. En el conjunt, he demostrat que integrant diferents fonts de dades en el mateix mètode augmenta el rendiment d'aquest.

Institució: European Molecular Biology Laboratory - European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)

Bioinformàtica

Rubén Molina Fernand ...

Structural Modeling of the effect of AB-Amyloid on the Insulin Receptor

Més info

Bioinformàtica

Autor/a: Rubén Molina Fernandez

Structural Modeling of the effect of AB-Amyloid on the Insulin Receptor

Director/a del treball: Baldomero Oliva

Descripción

Hem modelat la possible interacción entre el AB-Amyloide i el receptor d’Insulina, sota la hipotesis de que es pot estar donant un feedback que derivi en Alzheimer quan la dimerització del receptor d’Insulina no ocorreix de forma correcta, com per exemple en la malaltia de Diabetes.

Institución: Unitat de Recerca en Informàtica Biomèdica (GRIB) Universitat Pompeu Fabra (UPF)

Bioinformàtica

Jordi Busoms

A method to identify common features among similar protein binding sites

Més info

Bioinformàtica

Autor/a: Jordi Busoms

A method to identify common features among similar protein binding sites

Director/a del treball: Xavier Jalencas i Jordi Mestres

Descripción

Una de les principals causes de les reaccions adverses provocades per fàrmacs són les interaccions inesperades d'aquests amb proteïnes més enllà del seu objectiu. Els mètodes computacionals per a predir aquestes reaccions per milers de proteïnes es basen principalment en el lligand. Els mètodes basats en l'estructura segueixen sent computacionalment costosos. L'objectiu d'aquest projecte és investigar mètodes basats en l'estructura més eficients per tal de poder anticipar la probabilitat d'unió entre cada petita molècula i milers de proteïnes. Hem obtingut un algoritme funcional capaç d'aconseguir grups de llocs d'unió similars des d'estructures de proteïnes en tres dimensions i de generar entitats representatives del grup sencer.

Institució: Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques (IMIM)

Bioinformàtica

José Miguel Ramírez ...

Best Practices for the Analysis of Oxford Nanopore Direct RNA Sequencing Da ...

Més info

Bioinformàtica

Autor/a: José Miguel Ramírez Cardeñosa

Best Practices for the Analysis of Oxford Nanopore Direct RNA Sequencing Data

Director/a del treball: Eva Novoa

Descripción

RNA modifications have recently emerged as key regulators in many biological processes. However, current methods to genome-wide map RNA modifications using next-generation sequencing (NGS) are only available for 5 % of the known modifications, among other drawbacks. A new method is the direct RNA sequencing platform developed by Oxford Nanopore Technologies, which is able to sequence native RNA molecules. Here, we systematically compare state-of-the-art base-calling and mapping algorithms, as well as their ability to detect and distinguish RNA modifications using systematic base-calling ‘errors’. We find that Guppy 3.0.3 produces the highest accuracy and qualities, being also able to detect RNA modifications with the highest accuracy, and that GraphMap performs better than minimap2. However, distinguishing between different types of RNA modifications that modify the same ribonucleotide, such as 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine, still remains a challenge.

Institution: Centre de Regulació Genòmica (CRG)

Bioinformàtica

Ferriol Calvet Riera

Upstream open-reading frames identification and classification in the human ...

Més info

Bioinformàtica

Autor/a: Ferriol Calvet Riera

Upstream open-reading frames identification and classification in the human genome

Director/a del treball: Dr. Jonathan M. Mudge, Dr. Adam Frankish

Descripción

A les regions no traduides dels gens que codifiquen per proteïnes, podem trobar-hi marcs oberts de lectura (uORFs, de les sigles en anglès) que poden tenir un paper important en la regulació del procés de traducció. Hem generat un recull dels 104497 possibles uORFs, que conté informació addicional sobre cadascun d’ells i també una puntuació individual associada que ens informa de com de probable es que siguin funcionals. A part d’aixo tambe donem eines per poder actualizar els resultats a noves versions de l’anotacio, i poder visualitzar els uORFs a UCSC genome browser.

Institució: EMBL-EBI - European Bioinformatics Institute

Bioinformàtica

Paula Balcells Falgu ...

Quantitative metrics from 2D contours for bioimage analysis

Més info

Bioinformàtica

Autor/a: Paula Balcells Falgueras

Quantitative metrics from 2D contours for bioimage analysis

Director/a del treball: Virginie Uhlmann, Dra. Mireia Olivella

Descripción

La caracterització quantitativa dels objectes en bioimatges pot proporcionar informació útil per comprendre els fenòmens biològics. En aquest projecte, hem desenvolupat un paquet en Python per quantificar, comparar i explorar la morfologia dels objectes 2D en bioimatges a partir dels seus contorns. A partir de models de corbes spline paramètriques, les mètriques quantitatives han estat obtingudes analíticament i implementades algorítmicament. Per mostrar l’ús dels mètodes desenvolupats en l’anàlisi de bioimatges, hem realitzat dos experiments utilitzant conjunts d'imatges de microscòpia.

Institució: EMBL-EBI - European Bioinformatics Institute

Bioinformàtica

Marta Ibáñez Lligoña

Defining the placental secretome

Més info

Bioinformàtica

Autor/a: Marta Ibáñez Lligoña

Defining the placental secretome

Director/a del treball: Dr. Amanda Sferruzzi-Perri, Dr Xiaohui Zhao, Dr Tina Napso

Descripción

La placenta gestiona las señales entre la madre y el feto, que afecta la fisiología materna y el intercambio de nutrientes. Malformaciones en esta pueden causar complicaciones en el embarazo. Para entender mejor la endocrinología placentaria del embarazo y patologías del embarazo, hemos usado espectrometría de masas y bioinformática para estudiar el secretoma y peptidoma de la placenta. Hemos obtenido una lista de 319 proteínas secretadas des de la placenta y están relacionadas con el desarrollo anatómico y el sistema inmunitario, entre otras. Un 37,7% de las proteínas se han encontrado desreguladas en complicaciones en el embarazo.

Institución: University of Cambridge

Bioinformàtica

Andrea Nieto-Aliseda ...

Non-coding determinants of B-ALL: discovering new therapeutic targets and b ...

Més info

Bioinformàtica

Autor/a: Andrea Nieto-Aliseda Sutton

Non-coding determinants of B-ALL: discovering new therapeutic targets and biomarkers

Director/a del treball: Biola M. Javierre, Dra. Mireia Olivella

Descripción

L'objectiu d'aquest projecte és augmentar la comprensió de la oncogènesi de la leucèmia limfoblàstica aguda de cèl·lules B, identificant gens desregulats mitjançant l'estudi de mutacions epigenètiques observades en els seus elements reguladors, particularment potenciadors de llarg abast que poden estudiar-se amb l'estudi 3D de el genoma

Institució: IJC - Institut de Recerca contra la Leucèmia Josep Carreras

Bioinformàtica

Alexis Molina Martín ...

A novel computational workflow for elucidating key physico-chemical interac ...

Més info

Bioinformàtica

Autor/a: Alexis Molina Martínez Delos Reyes

A novel computational workflow for elucidating key physico-chemical interactions involved in thermal resistance

Director/a del treball: Victor Guallar

Descripción

La termoestabilitat es un concepte important en la indústria biotecnològica ja que juga un paper clau els processos enzimàtics i per tant, en la millora de la producció. En aquest estudi proposem un seguit d’anàlisis per l’estudi de la termoestabilitat i de la identificació de regions mutable en enzims fent ús de simulacions moleculars i xarxes d’interacció de residus. Agafant com a pilar central la hipòtesi que sosté a la flexibilitat com un agent relellevant en la estabilitat tèrmica de les proteines, els anàlisis desenvolupats han pogut elucidar regions claus de mutabilitat validades en dos estudis retrospectius.

Institución: BSC - Barcelona Supercomputing Center

Bioinformàtica

Irene Acero Pousa

Mapping the structural connectivity fingerprints of corticostriatal circuit ...

Més info

Bioinformàtica

Autor/a: Irene Acero Pousa

Mapping the structural connectivity fingerprints of corticostriatal circuits in Huntington’s Disease.

Director/a del treball: Estela Càmara

Descripción

La malaltia de Huntington és una malaltia genètica i neurodegenerativa causada per una mutació al gen HTT que provoca una serie de símpotmes motrius, cognitius i psiquiàtrics. Tot i així, hi ha un alt grau de heterogenoïtat en l’origen i evolució de cada símptome. Els tres circuits corticoestriatals principals (motor, cognitiu i motivacional) estan afectats per la neurodegeneració, la qual podria ser la font de les diferències interindividuals entre els pacients. L’objectiu d’aquest estudi és caracteritzar la connectivitat estructural dels tres circuits principals amb la finalitat de delinear patrons de neurodegeneració específics que podrien ser la base de diferents perfils simptomàtics.

Institució: IDIBELL - Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge

Pots consultar els mijors TFG al repositori de la UPF

Vols més informació?

Contacta amb nosaltres
*

* Campos obligatorios

Responsable: ESCOLA SUPERIOR DE COMERÇ INTERNACIONAL (ESCI-UPF); Finalitat: Finalitat 1: Atendre les sol·licituds dels interessats. Finalitat 2: Enviament de comunicacions comercials; Legitimació: La base legal para el tratamiento de los datos de los interesados en el caso de la finalidad 1 es el legítimo interés del responsable; y en el caso de la finalidad 2 es la obtención de su autorización; Destinataris: No es cediran dades a tercers; Drets: L’interessat té dret a accedir, rectificar i suprimir les dades, així com altres drets, tal com s’explica a la informació addicional; Ubicació: Pot consultar informació addicional i detallada sobre protecció de dades a la nostra pàgina web: https://www.esci.es/ca/politica-privacitat-cookies/rgpd-contactes